A település első okleveles említése 1291-ben történik Gerlahidaként. Alapítója valószínűleg az Ábránfy nemzetségből származó, 1264-ból ismert Gerla lehetett, akinek Békés megyében, Békéscsabától keletre a ma is meglévő Gerla nevű falu volt az egyik birtoka. A 13. század második felében Bálványos várának tartozéka lett, és feltehetően ebben az időben építették a Szamoson átvezető hídját, amiről a Gerlahida nevet kapta.
Bálványos tartozékaként Gerla 1406-ban került Szántai Laczk Jakab erdélyi vajda kezébe. Kiss Gábor, az Erdélyi várak, várkastélyok című munkájában arról ír, hogy a Lackfiak kihaltával 1456-ban Gerla a Bánffyaké lett, de mint per alatti birtokot, Mátyás király Vingráti Geréb Jánosnak adományozta. 1463-ban azonban ismét a Bánffyak birtokába kerül. Miután Bánffy László és Zsigmond részt vett az 1467-es Veres Benedek-féle királyellenes lázadásban, birtokaitól megfosztották, és azokat a király VII. János püspöknek, azaz Zrednai Vitéz Jánosnak, Mátyás király nevelőjének, a későbbi esztergomi érseknek, Vitéz Jánosnak adományozta.
A 16. század elején rommá lett vár helyén 1540 előtt Szapolyai János király parancsára megkezdték Újbálványos várának felépítését a Bács megyéből származó Bánk Pál királyi várnagy vezetésével. Az építkezést Martinuzzi György folytatta és fejezte be 1542-ben Domenico de Bologna tervei alapján. A vár Martinuzzi alatt élte fénykorát. Az erdélyi főúr itt őrizte kincseit. Amikor 1551-ben Castaldo emberei meggyilkolták, a várban 250 ezer magyar forintot, 889 márka veretlen aranyat, 2453 márka ezüstöt, 4 ezer Lysimachos-aranyat, aranyláncokat, különleges edényeket, különböző dísztárgyakat és háromszáz lovat találtak.
I. Ferdinánd király 1552-ben a várat összes tartozékával együtt ecsedi Báthory András erdélyi vajdának adományozta azzal a feltétellel, hogy a vár védelméről Castaldo temesi ispánnal és császári kapitánnyal gondoskodjék. 1553 májusában az I. Ferdinánd pártján álló Dobó István egri hős lett Erdély vajdája és Szamosújvár kapitánya. Izabella királyné híveként ekkor még volt egy vajdája Erdélynek Kendi Ferenc személyében. Kendi 1556. november 26-án ostrommal foglalta el Szamosújvárat, Dobót börtönbe záratta, aki 1557. november 15-én szökött meg fogvatartója elől.
A várat 1619 és 1652 között többször is átalakították Giovanni Landi, majd Agostino Serena vezetésével. Evlija Cselebi török történetíró 1661-ben Sólyomkő várának elfoglalása után érkezett a török sereggel Szamosújvárra. A várról és a török sereg pusztításairól így ír: „egy nagy tó partján erős építkezésű vár hét új bástyafallal. Felszerelése és ágyúi jó karban voltak s hatezer harcedzett német katona volt benne, mégis mikor a győzelmes sereg alája érkezvén, a papok a bástya fölé a béke zászlóit kitűzték… A lőrések fölött én szegény hét szolgámmal elénekeltem Mohamed ezánját s a győzelmi zászlókat kitűzték… A házakból, templomokból minden értékes dolgot elvittünk s ezt a virágzó várost felégettük s így leírhatatlan sok zsákmányhoz jutottunk. Sőt, a királyok palotájával szemközt levő templomban néhány király holttestét is találták a harcosok. Az egyik nagyon értékes drágakövekkel díszített, ezüst trónon ült olyan alakban, mintha kormányozna, fején drágaköves koronával és forgóval, rajta értékes selyemköpönyeg, derekán Számszám öve és kard, kezében pedig drágaköves pálca volt…”.
A vár 1665-ben Apafi Mihály erdélyi fejedelem birtokába került. Az 1670-ben készült, Priorato-féle térkép alaprajza szerint az új olasz rendszerű bástyákkal megerősített vár megközelítően négyszög alakú volt. Az egész várat vizesárok vette körül 35–50 m szélességben, és átlag 2 m-es mélységben. Legerősebb a délnyugati bástyája volt, amelyen négy ágyút is el tudtak helyezni. Ez védte a felvonóhíddal ellátott kaput, amelyhez a vizesárkon keresztül facölöpökön nyugvó fahíd vezetett. A falak és bástyák védelmében állott a Martinuzzi-várkastély a kápolnával és különböző rendeltetésű helyiségeivel. Martinuzzi a vár keleti oldalán két bástyát és védőfalat építtetett, amelyek azonban ma már nincsenek meg.
A 18. század közepén, Rákóczi György idejében épült a nyugati várfal az északi bástyával, amelyeket a 19. század második felében bontottak le. A keleti bástyát 1883-ban rombolták le teljesen, és ekkor semmisült meg a börtön is, ahol Báthory Boldizsárt és Kovacsoczkyt kivégezték. Az átalakított várat 1786-tól börtönnek használták, amit 1856-ban háromemeletes épülettel toldottak meg.
Szamosújvár minden bizonnyal legismertebb foglya a legendás betyár, Rózsa Sándor volt, akit életfogytiglani börtönbüntetése letöltésére hoztak Szamosújvárra 1873-ban. 1878-ban bekövetkezett haláláig itt raboskodott. Sírja a temetőben ma is látható.
Bicsok Zoltán és Orbán Zsolt az Isten segedelmével udvaromat megépítettem… című könyvéből tudjuk, hogy az épületegyüttes 1913-tól kiskorúak számára létrehozott bűnmegelőzési központ székhelyeként, majd a kommunista hatalomátvétel után a rendszer egyik leghírhedtebb politikai börtöneként működött. 1964 után köztörvényes bűnözők börtöne lett. A rendszerváltás után a kommunizmus áldozatainak emlékére múzeumot rendeztek be a régi épületben. Mivel az épületegyüttesben ma is börtön működik, látogatása csak különleges engedéllyel lehetséges.
A portál ezen funkcióinak használatához el kell fogadnia a sütiket.